Ce projet consiste à calculer de manière parallèle la différence entre deux sequences d'ADN. Cette différence est en fait la minimisation d'une fonction de cout qui s'applique aux mutations, aux substitutions et aux insertions.
Pour lancer des comparaisons, il est possible d'utiliser le lanceur start avec la syntaxe suivante :
java -Xmx1000000000 start pram|serv|sequ (-longueur int) (-largeur int) (-tailleblock int) (-perf)
le choix pram|serv|sequ permet de lancer respectivement une comparaison en utilisant une PRAM, un serveur RMI ou en séquentiel.
les options permettent de définir la longueur des deux chaînes et la taille des blocs (qui n'a un sens que pour le serveur RMI). Il existe des valeurs par défaut. Pour modifier les valeurs par défaut ou encore les adresses des deux fichiers textes dans lesquels sont puisés les séquences d'ADN il faut modifier le fichier Projet.java qui centralise ces informations pour les trois types de calculs. L'option -perf effectue en fait un System.out.close() pour accélérer le calcul et mesurer les performances des algorithmes. Le rmiregistry est lancé automatiquement avec le serveur rmi et s'arrête avec en utilisant le port 3333. Un "Java Tue" sur le serveur permet d'arrêter proprement les clients qui appelent ce serveur.
Les clients RMI se lancent quant à eux avec la syntaxe :
java -Xmx1000000000 ProjetClient NomDuServeur (-perf)